Als er geen duidelijke genetische diagnose, zoals Temple syndroom of Schaaf-Yang syndroom is, wordt de diagnose Prader-Willi like meestal gesteld op basis van de aanwezige symptomen.

De volgende symptomen zijn in ieder geval aanwezig: 

• Onverzadigbare eetlust met of zonder grote gewichtstoename
• Een ontwikkelingsachterstand en/of verstandelijke beperking

Daarnaast zien we meestal één van de volgende kenmerken: 

• Spierslapte
• Gedrags- en/of psychiatrische problemen
• Spraak- en taal ontwikkelingsstoornis
• Kleine lengte
• Oogafwijkingen 
• Kleine handen en voeten
   

Er kunnen natuurlijk meer symptomen voorkomen die ook bij Prader-Willi syndroom voorkomen, waardoor de diagnose Prader-Willi-like met meer zekerheid gesteld kan worden.