De ademhaling wordt vanuit de hersenen aangestuurd. Als in het bloed de concentratie zuurstof laag wordt, wordt in de hersenen een seintje afgegeven dat het ademhalingstempo omhoog moet. Het deel van de hersenen dat hier verantwoordelijk voor is, lijkt bij patiënten met PWS niet gevoelig te reageren. De zuurstofconcentratie in het bloed kan bij hen verminderen, zonder dat het lichaam hierop reageert met een snellere ademhaling. Door onvoldoende aansturing vanuit de hersenen kan de ademhaling stokken.

Een obstructieve apneu treedt op wanneer de luchtweg door iets wordt geblokkeerd dat de ademhaling bemoeilijkt. Dit wordt ook wel Obstructief Slaap Apneu Syndroom (OSAS) genoemd. OSAS kan veroorzaakt worden door overgewicht, taai speeksel, scoliose (verkromming van de rug) en vergrote keel- en/of neusamandelen. Ook de slapte van de ademhalingsspieren kan bijdragen aan de ontwikkeling van OSAS. In aanleg hebben kinderen met PWS wat nauwere luchtwegen in vergelijking tot leeftijdsgenootjes. De zwakte van de ademhalingsspieren bij baby’s met PWS leidt tot een minder krachtige ademhaling en problemen met ophoesten. Dit kan problemen met de ademhaling geven, voornamelijk tijdens verkoudheden. De wat oudere kinderen hebben vaak ook vergrote keel- en neusamandelen. 

De ademhalingsstoornissen tijdens de slaap kunnen leiden tot ernstige complicaties, zoals een hoge bloeddruk en hartklachten. Als een kind met PWS snurkt, in een vreemde houding slaapt om adem te kunnen halen of apneus/ademstops heeft is het verstandig dit met de behandelend kinderarts te bespreken en een verwijzing te vragen voor de KNO-arts om de neus- en keelamandelen te laten beoordelen. Soms is verwijdering van de keel- en neusamandelen nodig.

Er is een aantal kinderen met PWS beschreven die mogelijk ten gevolge van ademhalingsproblemen zijn overleden. Extra alertheid is daarom zeer belangrijk. Naar aanleiding van deze overleden kinderen, ontstond de angst dat ademhalingsstoornissen mogelijk verergerd konden worden door groeihormoonbehandeling. Uit onderzoek is echter gebleken dat groeihormoonbehandeling de ademhalingsstoornissen niet verergert bij kinderen met PWS. 

Voordat er wordt gestart met groeihormoonbehandeling wordt de ademhaling bij kinderen met PWS in Nederland eerst tijdens een nacht gemeten. Door middel van een slaap-ademhalingsregistratie-onderzoek kan gemeten worden of er tijdens de nacht periodes met ademstops optreden. Indien dit het geval is, is het mogelijk om onderscheid te maken in centrale apneus en obstructieve apneus. Als er veel obstructieve apneus optreden moet een KNO-arts bekijken of de amandelen verwijderd moeten worden, zeker voordat een kind met PWS kan beginnen met de groeihormoonbehandeling. Bij teveel centrale apneus wordt soms medicatie voorgeschreven door een neuroloog of slaapspecialist.

Bij kinderen met OSAS worden meer gedragsafwijkingen gezien, zoals autistiform gedrag en impulsiviteit. Dit is zo bij kinderen in het algemeen, maar ook bij kinderen met PWS. Bij zeer jonge kinderen met PWS is een verband gevonden tussen het hebben van OSAS en een vertraagde mentale ontwikkeling.

Het hebben van slaapapneus kan nadelige gevolgen hebben voor de gezondheid. Naast de slaperigheid overdag en toename van gedragsproblemen, kan slaapapneu gepaard gaan met verhoging van de bloeddruk, toename van het lichaamsgewicht, verhoging van cholesterol en toename van hart- en vaatziekten. Het is daarom belangrijk om slaapapneu tijdig op te sporen en, indien mogelijk, te behandelen.