Een DNA-methylatietest is gebaseerd op imprinting. Imprinting is het proces waardoor een stukje informatie op het chromosoom tot uiting komt als het van een specifieke ouder is. Bij een normale ontwikkeling zouden er bepaalde stukjes informatie van moeder tot uiting komen en bepaalde stukjes van vader. Bij PWS is er alleen imprinting van het moederlijk chromosoom 15 in het PWS specifieke gedeelte. Hierdoor komen alleen de stukjes informatie van moeder tot uiting. De vaderlijke imprinting ontbreekt en deze stukjes informatie komen dus niet tot uiting.
Met de DNA-methylatietest kan alleen de imprinting zichtbaar gemaakt worden. Er kan dus geen onderscheid gemaakt worden tussen een deletie, mUPD, afleesstoornis of translocatie. Hiervoor is een andere test beschikbaar, de MLPA (methylatie specifieke multiplex ligatie PCR).

MPLA
De MLPA is tegenwoordig de meest gebruikte test om de precieze oorzaak van PWS te achterhalen. Met behulp van deze test kan gekeken worden naar de imprinting. Daarnaast wordt getest of er sprake is van een deletie, mUPD, afleesstoornis of translocatie. Ook kan er op grond van de grootte van de deletie twee typen worden onderscheiden, namelijk type 1 en type 2. Voor de MLPA-test is ook bloed van ouders nodig.

Herhalingsrisico 
In gezinnen met een kind met PWS kan prenataal onderzoek uitgevoerd worden tijdens een volgende zwangerschap. Een klinisch geneticus kan hier meer informatie over geven.

Tot slot
Wanneer de diagnose PWS wordt vastgesteld, brengt dit veel vragen met zich mee. Een vraag die in ieder geval beantwoord kan worden, is dat PWS niet door één van de ouders wordt veroorzaakt. Het is het resultaat van een foutieve wisselwerking van vaderlijke én moederlijke chromosomen. Deze wisselwerking ontstaat meestal per toeval, met name als er sprake is van een deletie of mUPD.